一般纳税人农副产品的进项税额抵扣问题，按照采购渠道的不同以及供应商的身份不同，导致购进的原辅材料进项税额抵扣可分为几种情况。

　　1.一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣。

　　2.海关进口增值税专用缴款书。企业购进进口原辅材料的，可以按海关进口增值税专用缴款书注明的税额进行抵扣。

　　3.向农业生产者购进的自产农产品，可以凭农副产品收购发票或自产农副产品销售发票抵扣进项税额。

　　企业经常向农业生产者个人购进自产农产品的，可以向主管税务局申请农副产品收购发票，在购进时自行据实开具;或者，可以由农业生产者去税务局申请代开免税销售发票。无论是企业自开的农副产品收购发票，还是税务局代开的免税农产品销售发票，均可以作为进项税额抵扣凭证。

　　农民专业合作社和农业企业等，销售自产的农产品时，可以开具免税的农副产品销售发票。因此，购进企业向这类农业生产的组织和企业采购农产品，应积极索取合规的发票，以作为进项税额抵扣的凭据。

　　农副产品收购发票或自产自销农副产品销售发票，可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。

　　4.小规模纳税人开具增值税专用发票，分两种情况：

　　(1)生产农业初级产品(税率9%)：以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。

　　比如从小规模纳税人购进农产品并取得增值税专用发票，注明价款金额1000.00元，税额30.00元。该张发票可抵扣的进项税额=1000.00×9%=90.00元，而不是专用发票注明的税额30.00元。

　　(2)深加工产品(税率13%)：以增值税专用发票上注明的金额和10%的扣除率计算进项税额。

　　5.不能抵扣进项税额的凭证

　　(1)流通环节开具免税农产品销售发票

　　目前可以开具农产品免税发票的情形有六种：

　　一是农业生产者销售的自产农产品;

　　二是农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品;

　　三是采取“公司+农户”经营模式销售畜禽;

　　四是制种企业在定点生产经营模式下生产销售种子;

　　五是对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜;

　　六是从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品。

　　前四种都属于农业生产者销售自产农产品，取得这四种免税发票，可以按农产品销售发票抵扣进项税额。后两种情形属于流通环节对蔬菜、鲜活肉蛋的免税发票，不能抵扣进项税额。

　　(2)销售非自产农产品开具的普通发票

　　小规模纳税人和一般纳税人销售非自产的农产品开具的普通发票，不能作为进项税额抵扣凭证。

　　将上述涉及到的一般纳税人企业购进农副产品的进项抵扣，总结如下：图-1。

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